Στην αρχαιότητα η νήσος ονομαζόταν Υδρέα , σύμφωνα με την μαρτυρία του Παυσανία , αλλά και οι Υδρίη και Υδρέια. Ήταν για πολλούς αιώνες σχεδόν ακατοίκητη και η λιγοστοί κάτοικοί της φαίνεται ότι ήσαν Δόλοπες ή Δρύοπες.
Κατά τη Βυζαντινή εποχή ονομαζόταν και Νύδρα- ασφαλώς από τη συνεκφορά του άρθρου της αιτιατικής "πηγαίνω στην Ύδρα - στη Νύδρα"- ενώ ο κάτοικος του νησιού λεγόταν Νυδριώτης . Οι Βενετοί εξ'άλλου την αποκαλούσαν Σύντρα και Ύντερ. Το Σύντρα τούτο ασφαλώς εξυπακούει το ελληνικό "(ει)ς Ύδρα - Σύδρα", γλωσσικό φαινόμενο που γίνεται και με άλλα τοπωνύμια της ίδιας εποχής .
